в чем проблема програмно сделать два(сколько угодно) неймспейса контроллеров а-ля backend frontend? ДА вообще все по папкам разложить в зависимости от проекта.
запилить несколько подключений к базе, ну и т.д.
Других способов нет как бы кроде разделения кодом, как ни странно.
Другой вопрос в том что значит разные проекты, если вообще разные, то смысл их мешать?