Какой-то бред написан...
В системе 1С-Предприятие все данные внутри базы (конфигурация и ее версия тут не важны) хранятся в Юникоде (кроме варианта 7.7 - там действительно было в виндузовской кодировке). Сохранение любой информации по-умолчанию происходит в кодировке UTF-8, если явно не указать какую-то другую.
Если нельзя - будут ли проблемы с работой сайта, если оставить таблице cp1251?
Вы написали какой-то сайт на PHP и MySQL (судя по тегам), а теперь хотите от абсолютно незнакомых людей угадать: будут ли у вас проблемы??? Вас самого ничего не смущает в вашем вопросе? :)
