Как быстрее шифровать и расшифровывать файлы?

В новых версиях WinZIP и WinRAR имеется опциональное шифрование данных. Расшифровать могут те у кого есть ключ или, возможно, специалисты-криптологи. Ранние версии шифрования WinZIP были некриптостойкими и была возможность относительно быстро подобрать пароль методом перебора со словарём. Новые версии используют алгоритмы шифрования 128-bit AES и 256-bit AES.
Если в архивах не военная тайна, то обеими программами можно спокойно пользоваться для шифрования.

Существует также другие типы зашифрованных хранилищ , контейнерные. Например TrueCrypt/VeraCrypt (см. в Википедии). В контейнерных хранилищах можно хранить как сжатые так и несжатые архивы, документы, фильмы и т.д. Хотя скорость записи снижается, зато необязательно применять сжатие, что может сэкономить время обработки при записи/чтении файлов.