Как установка Windows и Ubuntu на один SSD с шифрованием обоих систем?

Установить две ОС на один диск.
Зашифровать данные средствами ОС.
Вот и все.

Непонятно, -- "чтобы данные обоих ОСок были зашифрованы" или результаты работы обЕих ОСок
были зашифрованы!!, Если второе, то при двух обычно-поставленных Осях, делай еще рабочий раздел
и уже его шифруй (наверное типа нтфс, чтобы виндовоз также доставал, я не знаю типы файловых систем
в винде, не пользую ). Этот раздел без системы , ну, типа как Д или Е у вас.. и там все твои рабочие папки...

Используйте veracrypt, насколько я понимаю, это лучший из наследников truecrypt. В списке совместимых платформ числится и windows и linux. В случае если не получится настроить бутлоадер с переключением ОС, создаете отдельные загрузчики для каждой из систем на своем диске(тупо дефолтно с веракрипт устанавливаете первую ОС на свой раздел, затем вторую на другой раздел), после чего третий раздел, в котором с помощью easyBCD можно будет создать бут-меню, загружающее тот или иной раздел.