Метод .splice() портит оригинальный массив. Как этого избежать?

При присваивании копируется ссылка на массив, а не сам массив. Чтобы скопировать массив, есть варианты:

var copy = arr.slice();

var copy = arr.concat();

var copy = [...arr];

var copy = Array.from(arr);

ES6:

var arr = [1, 2, 3]
var copyArr = new Array(...arr)
copyArr.splice(0, 2)
console.log(arr) // -> [1, 2, 3]

ES5:

var cloneArr = function(arr) {
  return Array.apply(null, arr)
}

var arr = [1, 2, 3, 4, 5]
var clonedArr = cloneArr(arr)

clonedArr.splice(0, 4)

console.log(arr) // -> [1, 2, 3, 4, 5]
console.log(clonedArr) // -> [5]

Описание Splice

Метод splice() изменяет содержимое массива, удаляя существующие элементы и/или добавляя новые.

Оператор присваивания в данном случае присваивает ссылку на объект, соответственно, все действия по этой ссылке приводят к модификации самого объекта. В данном случае нужно делать реальную копию, например с помощью

JSON.parse(JSON.stringify)
Lodash.clone()

let arr = [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9];
let copy = [...arr];

console.log(copy.splice(0, 5)); // [1, 2, 3, 4, 5]
console.log(arr); // [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9]