Хм... я бы попробовал так:
Назовем последний имеющийся коммит (0), а текущую ветку (а).
Поскольку сделана stash apply, то в стеше этот элемент сохранился (если pop, то нужно поколдовать с git reflog).
1. Сделаем коммит (1а).
2. Вернемся к коммиту 0 и создадим ветку "б"
3. Выполним git stash apply в ветку "б"
4. Сделаем коммит (1б)
5. Сделаем git revert предыдущего коммита (2б)
6. Перейдем в ветку "а" и сделаем git cherry-pick 2б (получим коммит 2а)
7. Если все нормально, то объединяем коммиты 1а и 2а (git rebase -i)
Все.
На словах довольно просто, но в реальности это может усложниться конфликтами, но они решаемы.
