Куда писать методы из main(String args[]) jar-приложения в веб-приложении?

Не слишком понятно, что имелось в виду про

то где писать то, что я писал в main(String args[])

. Но если предположить, что ищется метод, где всё инициализируется и код пользователя запускается в первый раз, то это вполне может быть класс в HTTP-сервере (написанном на Java), расширяющий системный класс HTTPServlet и перекрывающий его метод init. Наподобие ниже приведённого:

public final class CustomerDispatcher extends HttpServlet {
...
   // Вызывается при инициализации сервлета!
   public void init(ServletConfig config) throws ServletException {
      super.init(config);
      this.context = config.getServletContext();
      this.contextPath = this.context.getContextPath();
      this.rp = new RequestProcessor(this.context);
      this.sman = FssServiceFactory.getFactory().getSecurityManager();
   }
...