Можно ли с помощью jxcore произвести преобразование вида: JavaScript source -> LLVM code -> WebAssembly (wasm file)?

WebAssembly строго типизированный байткод, javascript же в свою очередь - нет и однозначно и эффективно типизировать его не представляется возможным, даже TypeScript не очень годиться для этого, поэтому AssemblyScript например использует строго типизированное надмножество над тайпскриптом. Если уж очень нужно, что бы JavaScript был скомпилирован в WebAssembly, то придется так же скомпилировать и весь рантайм (виртуальную машину). Это конечно же не улучшит скорость и футпринт по памяти, а скорее наоборот, но тем не менее это может быть полезно например для улучшения изоляции сторонних скриптов. Так например поступила Figma для системы плагинов - они взяли QuickJS движек и скомпилировали его в WebAssembly посредством emscripten: https://www.figma.com/blog/an-update-on-plugin-security

По поводу NectarJS - это тоже самое, только там взят более примитивный duktape движек (возможно кастомной сборки) + какая то еще магия что бы сей факт скрыть: https://github.com/NectarJS/nectarjs/issues/11