Почему rewrite не работает на поддомене?

Rewrite в .htaccess работает только на основном домене

RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php?route=$1 [L,QSA]

На поддомене работает только главная страница, любой другой адрес, не совпадающий с файлом или папкой выдает 404.
Настройки vhosts

<VirtualHost *:80>
ServerAdmin webmaster@localhost
    ServerName domain.io
    ServerAlias www.domain.io cabinet.domain.io
    DocumentRoot /var/www/domain/public
    <Directory /var/www/domain/public>
        Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
        AllowOverride All
        Require all granted
</Directory>
ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/domain.io-error.log
    CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/domain.io-access.log combined
</VirtualHost>
<VirtualHost domain.io:443>
ServerName domain.io
    ServerAlias www.domain.io cabinet.domain.io
    SSLEngine on
    SSLCertificateKeyFile /var/www/domain/protected/domain.io.key
    SSLCertificateFile /var/www/domain/protected/domain.io.crt
    SSLCertificateChainFile /var/www/domain/protected/chain.crt
    SetEnvIf User-Agent ".*MSIE.*" nokeepalive ssl-unclean-shutdown
    DocumentRoot /var/www/domain/public
    <Directory /var/www/domain/public>
       Options Indexes FollowSymLinks   
       AllowOverride All
       Require all granted
</Directory>
</VirtualHost>