Как правильно организовать структуру сайта?

Скорее всего такое меню штатными средствами не собрать.

Андрей Николаев, а каким путём получится?

sergey_from_saratov, свой компонент - очевидно же :)

Я так понимаю, что Бренд 1 в меню Фабрики, Бренд 1 в "Название стиля n" и в фурнитуре это один и тот же бренд?
Т.е. у Вас получается: есть товары, у них есть бренды. Каждый товар лежит в какой-то категории (не важно какого уровня).

Получается у вас 2 инфоблока:
Бренды (одноуровневый справочник)
Товары (многоуровневый каталог).

В товарах есть разделы:
- Фабрики
- Стиль
- Ассортимент
- Наличие
И уже в них вы маппите товары при импорте.
А после уже в menu делаете выборку GROUP BY по проперти привязки

Я хотя я инет-магазинами уже не занимаюсь, но проще сделать именно так.