Какую версию Elasticsearch использовать?

Последнюю стабильную стоит использовать (мне, по крайней мере, не известно о фатальных недостатках). Но стоит прочитать changelog, проанализировать что не работает и изменить работу с ES, т.к. там были несовместимые изменения.

Для новых проектов понятно что лучше последний стабильный релиз или на крайняк бета с перспективой релиза раньше вашего) У нас в старом проекте есть еще 1.3.х и она прекрасно работает, сложно переезжать потому что в 2.х ветке убрали процентов 70 различных типов запросов и за счет чего якобы стали быстрее.