Работа с командной строкой?

Есть просто разные виды интерфейсов. Самые популярные:
CLI (команды, аргументы, опции)
GUI (окошки, менюшки, скролл)
Диалоговые (менюшки, варианты выбора типа select/radiobutton), которые могут быть нарисованы как текстом, так и графикой
Панельные (например файловые менеджеры).

CLI - очень простой и весьма гибкий интерфейс. Множеству программ не нужен GUI, и более чем достаточно для подобных программ CLI интерфейс. Также через CLI можно отлично интегрировать одни программы с другими.

Это вкратце, чтобы вы не путали что CLI это хуже или примитивнее чем GUI. Это просто разные направления, и то, что CLI до сих пор активно жив, показывает, что он не устарел а просто отлично живет в своей нише.

Что бы ты понимал, что и как делает IDE, какие утилиты вызываются, что вообще происходит.

Для понимания изучаемого предмета важны детали, а IDE детали скрывает. Для запоминания важны множественные повторения рутинных действий, а IDE всю рутину берёт на себя.