Как защитить git-репозиторий от компроментации?

вроде git даже никакие права-авторизации сам по себе не поддерживает.
в этом нет необходимости.
шифрование поддерживается внешними средствами. той же ОС.

Скомпроментировать сервер можно по разному.

Если на сервере получили удаленно рута то вам ничего не поможет получить с сервера все что на нем размещено.

И решать такие вопросы нужно не на уровне прикладного софта (к которому относится GIT), а на уровне защиты самого сервера от угроз. Иными словами нужно не о шифровании в гите думать, а о том как защитить сервер от компроментации.

Как предовратить утечку,

В смысле утечку? Кражу репозитория с исходниками? Надо шифровать файлы. Желательно на лету. Boxcryptor это умеет делать, правда не знаю может ли он это для индивидуального сервера. Поэтому думаю вам стоит посмотреть в сторону LUKS. Во первых GPL, во вторых программа родная для линукса, следовательно ее можно будет спокойно автоматизировать с помощью bash и cron.
help.ubuntu.ru/wiki/luks_cloud

git-secret.io или https://www.agwa.name/projects/git-crypt/ вам в помощь