Как из одного docker контейнера запустить бинарь который находится во втором docker контейнере?

По здоровому - никак.

Собрать кусок одним контейнером, потом собрать оставшееся другим контейнером.
Или все версии qemu в один контейнер впихивать.

https://docs.docker.com/engine/admin/volumes/volum...

Образно:

RUN install qemu-0.10
RUN build part 1
RUN remove qemu-0.10
RUN install qemu-2.0.2
RUN build part 2

В итоге проект будет собран. Только второй контейнер тут не нужен.
Если прям очень хочется BDSM и запустить сборку во втором контейнере, то можно пробросить папку проекта между контейнерами через volumes.