Существует ли какое-нибудь дополнение для IDE Eclipse или PhpStorm для работы с минифицированными файлами css стилей?

Переходите на сборщики проектов типа gulp, т.е. смысл в том, что у вас есть папка исходников и есть папка готовых файлов для продакшена (минимизированых). Вы правите в редакторе обычный файл, сборщик делает всю черновую работу типа проставления вендорных префиксов и минимизации и выдаёт вам файл для прода. Т.е. вам не нужно править минимизированный файл никак.