база просто не будет держать запросы
Это ж MongoDB, в которой из коробки шардинг и реплики. Будет нагрузка - будете думать.
использовать для каждого сервера свою базу, то как распределять данные между остальными?
Это конечно более надёжно, иметь разные БД, но тут сами думайте что за приложение и можно ли так сделать. И не советовал бы пороть горячку пока не возникнет реальная потребность.
В случае репликации, как определять, что данные на слейвах
Опять таки это решает сама MongoDB.
Подскажите, как более грамотно здесь поступить?
Грамотно - это запустить проект и решать проблемы по мере их поступления. Если вы не запускаете СуперУбийственныйПроект, то нагрузка будет расти очень постепенно. Будет время подкручивать-оптимизировать.
