Регулярное выражение, которому соответствует base64.
Насколько я знаю, поиск по файлам можно сделать через Notepad++, или grep в Linux.
Возможно, предварительно потребуется скопировать проект и удалить все whitespace.
Попробуйте Revisium, если речь идет о вирусе. Он ищет вроде как не только функции base64_encode и _decode, но и сам base64 непосредственно.
