Большое количество сайтов на nginx?

Системный юлимит не подняли раз, если через сисмтемд запускаете нгинкс то в скрипте инициализации надо тоже поднять юлимит. Ну и опен файлс надо в конфиге нгинкс

В консоле сервера:

Проверим soft limit:
# ulimit -Sn

Проверим hard limit:
# ulimit -Hn

Если мало, то динамически изменим текущие лимиты:
# ulimit -n 65525

Теперь добавляем лимиты в файлы настроек, чтобы при старте системы они выставились какие нам нужны:
В файле /etc/security/limits.conf дописываем:
* soft nofile 65525
* hard nofile 100000
nginx hard nofile 65000

Теперь меняем лимиты в nginx, для этого в файле /etc/nginx/nginx.conf в самом начале, примерно после строк
user www-data;
worker_processes auto;
пишем
worker_rlimit_nofile 65000;

В консоле:
# nginx -t && nginx -s reload