Как построит маршрут между двумя существующими метками?

Не очевидно. Если засунуть координаты то создается еще одна метка в том же месте.

var points = route.getWayPoints();
points.options.set('visible', false);

freeExec, спасибо за помощь. Но это скрывает симптомы но не решает проблему. При повторном обращении или построении другого маршрута проходящих через существующих меток то такие объекты начинают плодиться как кролики. Конечно если держать их их отдельно в массиве и очищать перед созданием нового маршрута то решаемо но это будет огромный костыль костылей.

stcmd04236, Блин ну вы жалуетесь, что в кресле на кухне не удобно есть и даже с оторванной спинкой, но упорно не хотите сами сделать табуретку.
Ни кто вас не заставляет визуализировать маршрут по-дефолту. Возьмите координаты точек из него и нарисуйте по ним свою линию с блекджеком и куртизанками.

freeExec, не жалуюсь. Просто говорю какие будет проблемы при использовании такого подхода. Читал документации яндекса надеясь что есть способы построить маршрут для существующих меток. Но видимо вообщем нет такой возможности.

stcmd04236, то что вы хотите это частный случай, естественно не кто не будет для него отдельно что-то делать, когда есть универсальный.