Что не нравится Nginx?
nginx не нравится, что Вы подсунули ему неправильный файл сертификата cert.crt, правильный должен иметь примерно такой вид (многострочный):
-----BEGIN CERTIFICATE-----
MIIDSjCCAjKgAwIBAgIQRK+wgNajJ7qJMDmGLvhAazANBgkqhkiG9w0BAQUFADA/
................
................
JDGFoqgCWjBH4d1QB7wCCZAA62RjYJsWvIjJEubSfZGL+T0yjWW06XyxV3bqxbYo
Ob8VZRzI9neWagqNdwvYkQsEjgfbKbYK7p2CNTUQ
-----END CERTIFICATE-----
Сделайте:
openssl x509 -in /etc/ssl/certs/domains/sea3.ru/cert.crt -noout -text -purpose
Если файл сертификата корректный, то вы увидите всю информацию о сертификате, иначе будет ошибка.
