Как сделать шаг назад? Случайно сделал в папке проекта rm -rf *

Жесть, неделю писать и не коммитить.

Либо на ЛОРе вам сказали неверно либо Вы неверно поняли.
git checkout — MyFile откатит конкретный файл к состоянию последнего коммита. Чудес не бывает и гит не знает что именно вы поленились закоммитить.
Как правильно сказали — или отказывайтесь к последнему коммиту и пишите заново, по памяти, или ищите способы восстановить данные средством системы или утилит восстановления. Но гит к этому отношения не имеет.

Ээээ, вы тогда компьютер особо не мучайте, что-бы ничего лишнего с верху не записать случайно. Если есть возможность, то сделайте dd копию диска с которым работаете на новый носитель. Потом смонтируйте этот образ в read-only и там уже нужно искать какими программами можно восстанавливать нужные вам файлы.

Можно потом будет открыть сделанную копию в любом адекватно читающем большие файлы редакторе и поискать нужные вам файлы. К примеру если это PHP файлы то искать вхождение <?php (или как у вас там) и восстанавливать их.

Попробуйте
git reset HEAD
если не поможет — тогда попробуйте
git reset --hard HEAD

Файлы можно восстановить (гуглите). Главное ничего сверху не записать.

А вы IDE не пользуетесь, у них локальная история есть, оттуда прекрасно всё достаётся, самого пару раз спасало от случайного удаления.

photorec'ом попробуйте пройтись и молитесь.

git checkout . откатывает состояние данной папки (.) до последнего коммита.

Промазал…

Буквально вчера востанавливал фалй програмкой Scalpel (http://habrahabr.ru/post/55465/). Удалось востановить файл 2х месячно давности, который я даже забыл, что удалил, пришлось срочно востанавливать — утилита помогла

Можно написать скрипт, который пробежится по списку и по одному их достанет.

меня спасла как-то локальная история в PHPStorm

В нормальных IDE всегда есть Local History. В редакторах от JetBrains и NetBeans точно. Без проблем всё восстановится.