Нужно написать приложение работающее не заметно для пользователя windows 7?

Не ясен характер действий данного приложения.
Не ясно, будет ли оно взаимодействовать с UI.

Незаметно для пользователя запускается приложение из автозагрузки и без видимого UI.
Незаметно для пользователя запускается служба Windows.

https://code.msdn.microsoft.com/windowsapps/CppWin...

https://msdn.microsoft.com/ru-ru/library/zt39148a(...

Добавляешь свое приложение в планировщик заданий, запускаешь от имени системы

string applicationPath = ""; // путь к приложению
var process = new Process()
{
   StartInfo = new ProcessStartInfo
   {
      WindowStyle = ProcessWindowStyle.Hidden, // скрывает UI процесса, виден в диспетчере задач
      FileName = _applicationPath 
   }
};
process.Start();

Создаёте приложение WinForms.
Удаляете форму Form1.cs
Открываете program.cs
Очищаете метод Main и пишите там свою логику.
Приложение не будет отображаться пока вы сами не создадите элементы GUI.