В чём можно делать конспекты?

Попробуйте MyTetra
Также посмотрите интересную статью автора Самая нужная программа на свете на хабре.

Лучше OneNote или Evernote ещё ничего не придумали.

Разница между ними существенна, Evernote платный (бесплатные 60 мег/мес трафика съедаются за несколько дней), OneNote — полностью бесплатный.
Поэтому я использую OneNote уже 10 лет, более 4000+ записей.

У OneNote есть 2 разных клиента под Windows, попробуйте оба:
www.onenote.com/Download?omkt=ru-RU
https://i.imgur.com/2EIf4GO.png

+ есть очень удобное и постоянно развивающееся мобильное приложение.
Все приложения отлично работают в офлайне с последующей синхронизацией.

Вот еще ссылка на быстрое знакомство с OneNote (короткий видеокурс и текстом) https://1drv.ms/o/s!Aul83LChS4NmgoZW3wfGjJMfaMl7Sg

А вот так выглядят мои конспекты: https://i.imgur.com/dur9mz2.png

Google docs

Bear

https://www.giuspen.com/cherrytree/ правда с оф сайта не скачивается, ищите в другом месте

TheBrain

Latex

тоже озадачился как-то этой темой, много всего перепробовал, в итоге выбор пал на http://www.notebooksapp.com, в первую очередь из-за того, что можно создать дерево по темам и удобно искать

Может комуто подойдёт. Делал много конспектов, наделал их на кучу гигабайт в Google Docs. С скриншотами, свистелками и перделками, гифками, шмивками. Пригодились они максимум раз 20 - 30 чтобы чтото искать в них, воспользовавшись поиском по всем документам. А время убитое на них мне кажется того не стоило. Изобрёл новый метод - GitHub код, и комментарии к коду максимально развёрнутые, плюс куча коммитов чтобы это было разложено по маленьким кусочкам кода. В итоге код состоит из сплошных комментариев, где самого кода на процентов ~5%, а всё остальное комментарии