Как правильно реализовать структуру бд для многопользовательской платформы?

У конструкторов типичный workload - около нуля на большинство площадок и небольшой процент активных. Заворачивать индивидуально каждого в свою БД - сильно утомительно в поддержке. Дожили до 1000 созданных сайтов (что не так уж много если не сказать "вообще крохи") - у вас 1000 баз, что уже весьма дофига. Выкатить в прод новую версию приложения - уже приключение.

Если вы хотите SaaS - т.е. у конечных пользователей прямого доступа в БД нет никакого - то в поддержке сильно проще будет классическая схема шардирования. К тому же у вас данные разных клиентов заведомо по предметной области никак не пересекаются.
- в таблицах специфичных для клиентов вводится site_id и входит в уникальные ключи и прочее счастье ограничений целостности (для postgresql можете дополнительно прикрутить row level security и база будет дополнительно приглядывать)
- отдельно размещается ваш биллинг и управление пользователями, где помимо прочего пишете таблицу соответствия, какой site_id расположен на каком физическом хосте и в какой базе данных (плюс список ro-реплик)
- закешировать соответствие сайта базе можно в каком-нибудь redis и ходить с одного единого пула серверов приложений что сильно проще по масштабированию приложения (если сервер приложения рассматривать как stateless, что опять же сильно проще в поддержке).

В итоге схема позволяет работает с осмысленным числом крупных баз (начиная с одной и вводя новые по необходимости), неактивные сайты мигрировать в архивные базы, горячие от дорогих клиентов - выделять хоть даже в отдельную инфраструктуру. Кстати, фокус с отделением vip-клиента в отдельную инфраструктуру позволяет дать этому клиенту и прямой доступ в базу при необходимости и возможность пилить кастомный функционал именно для него.

Если это группа магазинов под одной торговой маркой, продающие разные категории товаров (один косметику, другой бытовую технику, третий книги и т.д.), то все в одной БД, юзеры - в схеме public, каждый магазин - в отдельной scheme. По мере роста нагрузки, возможно, придется схемы выносить в отдельные БД/сервера.

Если это разные магазины для разных владельцев - конечно, все в отдельных БД и, возможно, даже на разных серверах.

Раз вы задаете такой вопрос, значит задача вам явно не по зубам.
Бросайте эту гиблую затею.