Вы определитесь с целью.
Если вы хотите давать разные виды доступа (с разными лимитами) разным пользователям - то да, считать. Не по IP, конечно, а по ключу/логину и т.п. Хранить в базе соответствующие показатели, накапливать запросы и пересчитывать счетчики с какой-то периодичностью. Если нагрузка мала - можно и на каждый запрос считать.
Если цель - защитить скрипт от флуда - это делается на уровне веб-сервера или даже фаирвола. Но в таких случаях не стоят задачи "до 1000 запросов в день", там стоят задачи "N запросов в секунду". Для nginx, например, модуль ngx_http_limit_req_module.
Средний
Средний
