Как организовывать CSS сетку по классам (хорошие практики совместимые с БЭМ). Как найти хорошие руководства и примеры?

Попробуйте smartgrid, в нем есть возможность построить сетку на паддингах или маржинах, используя как float, так и флексы или инлайн-блоки. Нет необходимости как в бутстрапе писать кучу классов в хтмл или инклюдить стили в медиа запросах, все поведение прописывается в css, в стилях селектора, а уж в хтмл вы используете хоть БЭМ хоть любой другой стиль написания.