Тема или вернее цветовая схема отвечает только за цвета. В ней указано, например, что числа будут синими. А определением того, что считать числом, занимаются плагины. Ищите что-то в духе "vim plugin for javascript syntax highlighting". К тому же я не считаю пример подсветки Атома удачным:
Простой
