Почему RDP нестабильно(отключается) работает при подключении через PPTP? Как определить где именно проблема?

Нужно смотреть в сторону MTU/MSS, фрагментации IPv4 пакетов. Только tcpdump/wireshark/mikrotik packet sniffer вам тут поможет.

Для RDP подключений стоит выбирать те виды vpn, которые умеют работать через udp. Для микротов это ipsec / ikev2.

Подсети (удаленная, локальная и VPN) не должны совпадать!!! Отсюда куча проблем. Подозреваю, что у вас все именно так и есть, судя по симптомам и почти дефолтным адресам VPN.
Плюс обратите внимание, что сервер у вас работает на профиле default-encryption, а клиенты подключаются с профилем default. Все у вас там корректно назначено и разрулено?