Во-первых, вы можете экранировать символ двойных кавычек так же, как экранируете символ перевода строки -
"[ \n.,?!:;'\"]". Во-вторых, можно проще и быстрее сделать:
from collections import defaultdict, Counter
import string
punctuation_map = dict((ord(char), None) for char in string.punctuation)
prepositions = ['и', 'в', 'без', 'до', 'из', 'к', 'на', 'по', 'о', 'от', 'перед', 'при', 'через', 'с', 'у', 'за', 'над', 'об', 'под', 'про', 'для']
with open('WarAndPeace.txt', encoding='utf-8') as fh:
text = fh.read()
clean_data = text.translate(punctuation_map)
words = Counter(word.strip().lower() for word in clean_data.split() if word not in prepositions)
print(words.most_common(1))
