Есть предложения по более изощренному бекапу конфигурации микротика?

Самый простой способ который вы не описали, это работа по ssh.
А дальше что хотите то и делаете с этими данными.

Управляющий скрипт, ставящий задачи в очередь на celery. Воркеры берут адрес, логин и приватный ключ, идут на микротик, делают полный бэкап, скачивают на указанный (свой) хост, записывают в базу информацию о бэкапе. При необходимости в один клик можно заставить систему накатить бэкап на любой указанный тик. Сеть из 126 тиков разных конфигураций.

а как имено вы хотите хранить бэкап? вариаций бэкапов то полно
https://habrahabr.ru/post/342060/
https://habrahabr.ru/post/345820/
https://habrahabr.ru/post/143320/

Старый-старый добрый RANCID - идет на девайсы по списку, выполняет там некоторые команды, делает что-то с выводом этих команд, сохраняет обделанный вывод куда-нибудь, в cvs например, еще и шлет на почту диффы, если надо.
Почти то же самое, но с подкатами и смузи: oxidized (модный руби вместо старика перла, встроенные git, веб-гуй).
bash+ssh+scp - по вкусу, пишется за несколько часов.