Является ли счет в Payoneer российским для гражданина РФ?

является российским счётом

Российским счетом является счет открытый в Российском банке.
Если вы открыли счет в организации, и эта организация есть в реестре банков, то так оно и есть.
В иных случаях - нет.

Payoneer не банк и не предоставляет фактический банковский счет.
Также, хотел бы уточнить, что с аккаунта Payoneer возможно переводить средства только на РФ счет в локальной валюте.

Проще всего спросить про это в саппорте Payoneer, но я сильно сомневаюсь, что они зарегистрированы в России как банковская организация.

По-поводу валютного контроля: при переводе средств со своего валютного счёта в одном российском банке на свой же валютный счёт в другом российском банке действительно не нужны никакие подтверждающие документы, надо лишь заполнить справку о валютной операции с соответствующим кодом.

p.s. прямо на сайте Payoneer написано, что можно выводить средства в национальной валюте:

Получайте платежи от клиентов со всего мира и выводите средства в местной валюте

Соответственно, если делать так, то валютный контроль вы вообще минуете, т.к. он применяется только к поступлениям в валюте.
Но при этом, скорее всего, потеряете какие-то средства на курсе конвертации.

без валконтроля - их выплаты в местной валюте, хз только есть ли для России