Как собрать такую «сборку»?

А Вы не знаете, например при установке определенный программы, необходимо на определенном этапе установки снять галочку с какого нибудь пункта (встречали наверно такие галки, типо установить дополнительно спутник майл) достучаться из батника, снять эту галку?

Zalivai, Если установщик совсем туп и не поддерживает тихую установки, тогда да потребуется снимать галки и нажимать на кнопки. Тут могут помочь утилиты типа autoit и nircmd.
Но можно и по другому:
если программа небольшая, то можно попробовать самому сделать портабельную версию без особых запар - установить в ручную с нужными параметрами, запустить, закрыть, скопировать каталог с установленной программой в другую папку, деинсталировать. Проверить будет ли работать скопированная программа. Если будет, то у вас готова портабельная версия софта :-)
Тут могут быть нюансы, например многие программы сохраняют конфигурацию либо в реестр, либо в профиль пользователя. В этом случае после копирования программных файлов вам потребуется воспроизвести конфигурацию.
Обычно проверить что программа написала в реестр (или профиль) достаточно просто. В реестр пишут в HKLM/HKCU\Software\<им программы или имя разработчика>, в профиль:
%APPDATA%\<имя программы или разработчика> или %ALLUSERPROFILE%\<имя программы или разработчика>.
Встречается софт, который использует не только эти пути, в таких случаях можно отследить к каким ключам реестра и файлам обращается программа. Отследить можно с помощью утилиты procmon из состава sysinternals suite (можно взять на сайте микрософта бесплатно).
Есть и софт, который что-нибудь пишет в системные каталоги, например свои библиотеки, и регистрирует свои компоненты. В принципе это то же можно все делать в ручную, но как правило подобный софт умеет и тихую установку.
Править реестр из командного файла можно либо с помощью встроенной утилиты reg.exe либо импортируя предварительно выгруженную ветку реестра с помощью regedit.

PS: можно поискать готовые сборки нужного софта для тихой установки или портабельные версии. Например тут.

Zalivai, Если речь идет о вашем домашнем компе, то скорее всего вам все это не нужно.
Просто оцените как часто вы переустанавливаете ОС и вам требуется установка с нуля этого набора софта? Не проще ли это сделать руками раз в год/5 лет? А кто будет отслеживать обновление версий софта в наборе?

Если все же вам нужно нечто подобное, то так же могут быть варианты - например можно установить эталонную систему руками снять образ диска и потом при необходимости его разворачивать. Это можно делать хоть каждый день, занимать будет минут 5-20 и у вас будет чистая ОС с нужным софтом. Образ можно держать либо на отдельном HDD (или разделе), либо можно записать на флэшку вместе с загрузочным Acronisом.

Спасибо за столько информации.
Про Акронис в курсе. Полезная штука.
Просто стало интересно, сообразить такую штуку =)