Как грамотнее делать такой лейаут на Flexbox?

Лучше сделайте по аналогии с Bootstrap. Разделите сущности по обязанностям, разделите свой container на container и row.
container ограничивает width и имеет margin: 0 auto; .
row это flex контейнер для col. И все правильно, свойстово flex-wrap: wrap. Но тогда у колонок помимо flex: 0 0 {value}%;, определите max-width: {value}%;, чтобы сетка не сыпалась.

В текущем варианте, ваша верстка не гибкая, так как контейнер не используешь без flex и как его сетку не используешь без ограничения ширины.

Примерно так:

.cotainer {
  width: $my-width-value;
  width: 100%;
  margin: 0 auto;
  padding-right: 15px;
  padding-left: 15px;
}

.row {
  display: flex;
  flex-wrap: wrap;
  margin-left: -15px;
  margin-right: -15px;
}

.col {
  flex: 0 0 $col-width:
  max-width: $col-width:
  padding-right: 15px;
  padding-left: 15px;
}