можно паддингом, как посоветовал Артем Кирьянов, но если что-то изменится то придется опять лезть и менять, в вашем случае красивее и корректнее сделать так: https://jsfiddle.net/e5tjwLb9/2/
Добавить в .header-menu li свойство line-height: 5.5rem; значение 5.5em равное высоте логотипа. Так же можно переписать на flex как в примере flppv но это больше уже не для начинающих техника.
Простой