Можно ли в iOS приложении принимать платежи через свой эквайринг?

Вопрос в том, что Вы продаете! Если цифровой контент, предоставляющий расширенный доступ, дополнительные функции или какие-либо преимущества пользования Вашим приложением, то это однозначно IAP, где платежи идут через Apple и Вы платите им комиссию. Если же Вы сервис по продаже товаров и услуг посредством приложения (билетная касса, интернет-магазин итп...), то да - встроенный отдельный эквайринг для приема платежей через различные платежные системы.