Как удалить лишнюю dkim подпись?

Яндекс самостоятельно добавляет DKIM к письмам. Как вы отправляете почту, через что? Что-то при формировании письма явно добавляет ещё одну подпись.

1. Не надо делать рассылку через SMTP-сервер яндекса с авторизацией, он для этого не предназначен. Рассылайте напрямую со своего сервера.
2. Если вы все-таки делаете рассылку через SMTP-сервер Яндекс с авторизацией (SMTP submission), не подписывыайте письмо DKIM сами, т.к. при наличии авторизации письмо будет подписано submission-сервером. Опубликуйте в своей зоне публичный DKIM яндекса и он будет подписывать письмо вашим ключом. Если зона хостится у Яндекса, дополнительно ничего делать не надо.
3. Можете на данное предупреждение забить, т.к. наличие в письме более одной валидной сигнатуры является совершенно нормальным.