Даже в винде так делать не надо. Reg Organizer - хорошая программа, но у нее другие цели, для удаления вполне достаточно штатного апплета "Программы и компоненты" (ну или как там оно сейчас зовется), для параноиков - есть такая хорошая вещь, как Revo Uninstaller, "прибирающий" за программой хвосты из регистра.
В линухе регистра нет, поэтому и его органайзеры не нужны. В линухе программа хранит свои настройки в /etc и домашнем каталоге, иногда, весьма редко - в /usr/local/etc. Удаление программ и чистка этих настроек выполняется соответствующим дистрибутиву пакетным менеджером, например в CentOS - yum, в Gentoo - emerge (это конечно не совсем пакетный менеджер :D )
