Почему при рендеринге из After Effects при включенном CUDA, GPU отдыхает?

Потому что видеокарта в AE используется разве что для ray tracing, все остальное считается на процессоре. Что-то мне подсказывает, что вы ray tracing не используете :)

ВАЖНО! Как правило, After Effects не требует функций CUDA для какого-то конкретного набора графических процессоров Nvidia. Это требуется только для средства 3D-рендеринга с ускорением за счет графического процессора и трассировкой луча. Остальные функции GPU работают на любом графическом процессоре, который отвечает определенным базовым требованиям (включая графические процессоры AMD и Intel).

https://helpx.adobe.com/ru/after-effects/using/ren...

В целом весь пакет Adobe видеокарту использует слабо. Даже NVENC в нем (без плагинов) нет - уж не знаю, хорошо это для вас или плохо.

Промониторить нагрузку можно запустив в консоли (cmd) следующую команду (windows):

C:\Program Files\NVIDIA Corporation\NVSMI\nvidia-smi.exe dmon