Почему тормозит JS на сервере?

А как насчёт того, что на локалке этой проблемы нет

kot2566, да никак. тогда клади полную депешу, что за хостинг, а то мож хостинг из тех где не больше 20 файлов на сайт, бесплатная мерзость.
я просто сам в 2016 делал подобную штуку, там было запланировано 1'000'000 ячеек!! Использовалось по факту от 100'000 до 600'000 ячеек, все летало как говорится) Сделано было на <map>+<area>, т.к. уже начиная от 3000 ячеек брауз начинал тормозить, это когда ячейки были сделаны блочных элементах (div, span, ...), разработку естессно делали на боевом хостинге, смысл с этой локальной разработки, вот как в вашем случае, толку ноль.

Подсветку элементов делал через jQuery maphilight