Каким способом делать анимации для 2д игры?

Можно и так и так, всё зависит от вашей технологии анимации, если анимация у вас покадровая, то разделить её на две половинки будет сложно, если же вы используете Spine или Anima2D, то сделать это будет гораздо проще, в примерах к Spine даже есть готовая реализация того, что вы хотите. Без плагинов разделить анимацию тоже можно, например, если у вас есть человечек с пистолетом в руке, просто отрезаете стреляющую руку и анимируете её отдельно, а тело всегда анимируете безруким, потом просто эти два объекта соединяете в иерархии трансформов. При таком подходе вы сможете вращать стреляющую руку как угодно не меняя анимацию тела.

все зависит от того, каким образом ты будешь делать анимацию.
Есть два пути. 1) Это рисовать каждое изменение и потом кинуть все картинки в Animation. 2) Сделать скелетную анимацию.
И все конечно зависит от того как ты хочешь это все видеть, если тебе нужно, чтобы при прыжке , стрельба выглядела иначе, то да, придется делать отдельную анимацию для стрельбы в прыжке и отдельную на земле.