Можно
перезаписать коммиты. Если нежелательное изменение было сделано в последнем коммите, можно просто внести необходимые изменения и сделать
git commit --amend
Если изменения были сделаны ранее можно использовать
git rebase --interactive, чтобы внести изменения в предыдущие коммиты.
Однако, все эти изменения только создадут новые коммиты. А старые, хоть и не будут видны в истории, всё равно могут быть доступны по их хешам.
P. S. GitHub периодически запускает garbage collector, так что рано или поздно коммиты недоступные в истории удалят.
