Если не планируется выборка по отдельным свойствам, то сериализовать в protobuf/MessagePack/bson и хранить в виде бинарных данных, в таком же виде и отсылать на клиент.
Если нужно делать выборки, то лучше просто распихать данные по столбцам.
Если хочется именно json (но зачем?), то лучше взять PostgreSQL там можно индексировать json поля.
