В магазине установил минимальное количество покупки товара на 100, как сделать так, чтобы если кто вводит меньше выскакивало предупреждение?

Если речь про конкретную модель товара, то в его карточке можно установить минимальный заказ, и ОпенКарт и не добавит в корзину меньше 100. Будет на счетчике количества товаров стоять соточка, больше можно прибавить, а при попытки уменьшить, магазин не даст добавить в корзину.
Ежели бизнес-модель строится (типа опт) что суммарное количество разных товаров должно быть минимум 100 единиц - то ищите расширения для оптовой торговли, они есть и там регулируются условия