В Inkscape с версии 0.91 или 0.92 есть инструмент для рисования соединительных линий (Ctrl+F2). Попробуйте с его помощью, правда, соединятся не центры окружностей, а их края. Но есть трюк: в центре каждой окружности сделайте очень маленькую окружность такого же цвета или с прозрачной заливкой. Соедините маленькие окружности соединительной линией. Сгруппируйте попарно маленькие окружности с большими. Теперь, визуально, линия соединяет центры окружностей и движется вместе с каждой из них.
Простой
Простой
