Как избавится от смещения в Fancybox при исчезновение скрола?

Добавляйте правый паддинг (например) на body при открытии модалки.

Перед открытием окна, проверяем: document.scrollHeight === document.offsetHeight
Если равно, скролла нет, все ок.
Если не равно, скролл нужно показать, добавляем, например, в body class, который имеет более высокий приоритет, чем класс fancybox, добавляющий overflow:hidden.
Только надо будет на время показа fancybox в этом случае событию scroll сделать preventDefault()