Как правильно использовать переменную в команде?

Восклицательные знаки не нужно экранировать - они в команду не попадут, а заменяться путем из переменной, кавычки то же не влияют на разъименование переменных. Наверное так:
run -o "{\"tests\": \"!namePath!/**/*_test.js\"}"

При первом нахождении запускается хорошо, при последующих нахождениях выводит !namePath! и undefined:1 это при записи "{\"tests\": \"../\!namePath!/**/*_test.js\"}"

83349 M, Приведите полный код цикла.
Похоже на регулярное выражение?

SetLocal EnableDelayedExpansion

set "begindir=G:\test\batch"

for /r "%begindir%" /d %%i in (*) do (
Set "namePath=%%i"
IF EXIST %%i\_test.js (
set "namePath=!namePath:\=/!"
set "namePath=!namePath:%begindir%/=!"
set "namePath=!namePath:/testF=!"
echo !namePath!
codeceptjs run -o "{\"tests\": \"../!namePath!/**/*_test.js\"}"
)
)

83349 M, У вас ошибка в самом for - ключ /d - не нужен.
В остальном должно работать.

Если убрать /d то он будет включать еще и файл. В команду нужно передать только путь к папке testF с файлом _test.js т.к. в этой папке есть другие несколько папок с файлами [name]_test.js. командой codeceptjs ... заменяется часть json, а этот путь указывает на относительный путь со всеми этими файлами оканчивающихся на _test.js

83349 M, В for нельзя передавать одновременно 2 ключа - они включают разные режимы работы и не совместимы друг с другом. см. for /?
Вам нужно заменить ваш for на что-то вроде этого:

for /f "tokens=* delims=" %%i in ('dir /s /b "%begindir%\*_test.js" ^| findstr "testF" ') do (
...
)

Сделал еще вот так вроде избавился от ключа /d, но по итогу то же самое.

for /r "%begindir%" %%i in (?test.js) do (
	Set "namePath=%%i"
	set "namePath=!namePath:\=/!"
	set "namePath=!namePath:%begindir%/=!"
	set "namePath=!namePath:/test/_test.js=!"
	echo !namePath!
	codeceptjs run -o "{\"tests\": \"../!namePath!/**/*_test.js\"}" 
)

А еще если сделать

echo !namePath!
echo codeceptjs run -o "{\"tests\": \"../!namePath!/**/*_test.js\"}"

то выведет все как надо, с нужным путем. Но если убрать echo и попробовать сделать запуск, запустит только первый случай, во втором будет выведено !namePath! и не корректный запуск.

83349 M, ?test.js - в маске ? - это один любой символ, на сколько я понял вам нужно использовать * - несколько любых символов.
Я так и не понял: вас интересуют файлы testF\_test.js или testF\*_test.js ?
У вас маска в форе ?_test.js, а ниже в 4 set используете другой вариант.
Попробуйте вариант for из поста выше. Он должен работать.
Смысл его в том, что запускается команда
dir /s /b "%begindir%\*_test.js"
которая выводит все файл *_test.js во всех подкаталогах указанного каталога
дальше с помощью finstr "testF" - из всех выведенных dir строк оставляем только те, где присутствует "testF" и каждую из этих строк обрабатываем в цикле.
Можете по отдельности и в комбинации эти команды запустить и посмотреть вывод.

Сделал так

for /f "tokens=* delims=" %%i in ('dir /s /b "%begindir%\_test.js" ^| findstr "testF" ') do (
	Set namePath=%%i
	set namePath=!namePath:\=/!
	set namePath=!namePath:%begindir%/=!
	set namePath=!namePath:/test/_test.js=!
	echo !namePath!
	codeceptjs run -o "{\"tests\": \"../!namePath!/**/*_test.js\"}" 
)

Получается тоже самое при 2-ом старте выводит !namePath!.
По поводу папки есть тест с информацией это _test.js его я использую как идентификатор, чтобы понять в какой папке лежат все остальные тесты они называются по типу имя_test.js.

83349 M,

Получается тоже самое при 2-ом старте выводит !namePath!.

т.е. когда батник запускаете второй раз?
Это какая-то фигня, если честно. У меня отрабатывает сколько угодно раз, только я в начало строки с запуском codeceptjs добавил echo.
Я так понял у вас такое же поведение?
Вы батник как запускаете? из консоли? из файлового менеджера? (какого?) Из проводника?
Никогда не видел эту софтину (codeceptjs), есть предположение:
1.она добавляет путь к себе в переменную PATH, причем, видимо ставит его в начало.
2.Возможно у него в составе есть какая-то своя командная строка (cmd.exe) и после окончания работы он ее запускает.
3.В начале батника присутствует строка:
SetLocal EnableDelayedExpansion
?
Именно эта команда включает отложенное разъименование и !! вместо %%

Это всего лишь предположение, как объяснить подобное поведение по другому - я не знаю.

Через echo все тоже хорошо.
Запускаю в conemu.
codeceptjs run команда которая запускает тесты.
по пункту 2 не знаю к сожалению
SetLocal EnableDelayedExpansion да присутствует.

83349 M, попробуйте запустить из cmd.exe
ConEmu использует родной cmd.exe.
п.2 проверить просто - поищите в установочном каталоге и посмотрите переменную PATH до запуска и после.

В cmd такой же результат. по п.2 есть файл codeceptjs.cmd в нем

@IF EXIST "%~dp0\node.exe" (
  "%~dp0\node.exe"  "%~dp0\node_modules\codeceptjs-nightmare\codecept.js" %*
) ELSE (
  @SETLOCAL
  @SET PATHEXT=%PATHEXT:;.JS;=;%
  node  "%~dp0\node_modules\codeceptjs-nightmare\codecept.js" %*
)

т.е. я так понимаю весь остальной запуск тестов с путями проходит в уже в js файле. Но спасибо что уделили время.

83349 M, Попробуйте вызов codeceptjs делать через call:
call codeceptjs run ...