Как делать таймер?

Делайте самый обычный счетчик по убыванию.
Начальное время лучше задавать и брать из data-атрибута, а не разметку парсить.
В конце, перед самым выводом цифр, переводите их в строку и разделяете посимвольно:

let secondDigits = secondValue.toString().split('');

До или после разбиения на символы можно проверить, одна или две цифры и дополнить ведущим нулём.
Далее просто вписываете первый элемент массива в один спан, второй — во второй.