Как разложить знания по полочкам?

Это нормально. Сейчас и должна быть каша. Лечится это практикой.

Нужно понимать по-этапную эволюцию вёрстки: от полностью белого окна с одной областью (html,body) до полностью свёрстанного макета.

Т.е., переход от самых крупных областей к более мелким деталям (ООП):
1. Сначала - правильные позиционирование, размеры, масштабирование.
2. Затем - зазоры и оформление (тени, закругления, искажения и т.д.)..

Конспект при прохождении курса делали?
Собственный конспект очень помогает отсутствию каши в любой изучаемой области или при прочтении специализированной книги.

Разумеется, конспект должен быть в эл.виде, в любой системе для хранения записей (например, onenote, evernote, google keep, etc).

По несколько в одно и тоже вникать и расширять кругозор.
Лично у меня всегда и сейчас открыто 29 вкладок с различными вопросами, туториалом, примерами, вот так и раскладываю все пополочкам.