Git в Mac OS находит несуществующие изменения в файлах, созданных в Windows — как победить?

Над репозиторием в GitHub работал в основном в Windows через TortoiseGit
Теперь появилась возможность попробовать Mac OS.
Обновил несколько файлов не в рабочей копии, заменил сразу папку в рабочей копии в Mac, начал фиксить, а GitHub Desktop показывает что я изменил вообще все файлы из папки, предлагая обновить их - при просмотре изменений, GitHub Desktop просто предлагает заменить одно и тоже содержимое файлов.