Можно, но изменения не будут сохраняться в сборке, только в редакторе. Если хотите, чтобы сохранялись, тогда надо сериализовать ScriptableObject и писать куда-нибудь на диск. Когда я последний раз смотрел, изменения ресурсных файлов существовали только во время жизни приложения. За исключением необходимости сериализации хранить настройки в ScriptableObject очень удобно, особенно если надо что-то посмотреть или подправить в редакторе.
